Quelles sont les moyens et outils utilisés pour faire la modélisation moléculaire?
Les méthodes de la modélisation moléculaire comprennent : les méthodes quantiques, la mécanique moléculaire et la dynamique moléculaire. d’interpréter une grande part de la réactivité chimique. Ces méthodes prennent en compte les électrons σ et reposent sur des calculs plus élaborés que la méthode de Hückel.
Comment procéder à la modélisation moléculaire?
Une première étape de la modélisation moléculaire est de construire sa molécule avec l’interface du logiciel. Cela consiste à placer les atomes et de constituer les liaisons chimiques entre eux. Avec Chemsketch ou avec d’autres logiciels comme lui, les atomes sont piochés dans une « palette ». Les liaisons sont tracées à la souris.
Quels sont les logiciels de visualisation moléculaire?
L’intérêt est que les logiciels de visualisation / modélisation moléculaire (dont Chemsketch et Avogadro) peuvent comprendre ce codage, et quelquefois le générer. Sur Internet, on trouve des exemples de molécules avec leur SMILES. Vous avez déjà mis une note à ce cours.
Quels sont les logiciels de modélisation de protéines?
Un d’eux est par exemple le logiciel « HyperProtein », qui se concentre sur la modélisation de protéines. Outre les fonctionnalités liées à la modélisation et à la simulation que peut déjà apporter HyperChem, d’autres logiciels sont consacrés à l’alignement de séquences ou à la construction d’un arbre généalogique pour les familles de protéines.
Quels sont les logiciels permettant la représentation de molécules?
On utilise en général des couleurs standard pour représenter les atomes les plus fréquents : Il existe de nombreux logiciels permettant la représentation de molécules, dont plusieurs sont dans le domaine public ou gratuits pour un usage académique ou pédagogique : RasMol et OpenRasMol. [1] [ archive] Pymol.